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有機(jī)肥的使用出現(xiàn)效果不佳的原因很多，在此分兩大類（不包括病害這一類）。

　　第一類：生產(chǎn)企業(yè)的原因。

　　企業(yè)生產(chǎn)控制方面的原因里面涉及到質(zhì)量控制，在這里重點討論養(yǎng)分、pH、氯離子含量、含鹽量、陽離子交換量、腐植酸、小分子脂肪酸、重金屬、有害微生物等因素。這些內(nèi)容有很多并不出現(xiàn)在有機(jī)肥料行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)里面，但卻不得不注意。

　　1. 養(yǎng)分。由于原材料本身養(yǎng)分低或發(fā)酵生產(chǎn)工藝原因，有些企業(yè)的有機(jī)肥發(fā)酵出來，其養(yǎng)分并不合格，加上有些廠連化驗室都沒有，一批產(chǎn)品就這樣邁向了市場。有些企業(yè)檢測發(fā)現(xiàn)養(yǎng)分不夠，但也舍不得添加化肥補充，也使這些產(chǎn)品邁上了市場。無肥料登記證的企業(yè)所生產(chǎn)出來的產(chǎn)品，并不在市場上流通，一般是直接面向用戶，這一塊特別難以監(jiān)管。

　　2. pH值。原材料本身pH值就各有不同，在發(fā)酵過程中，pH值變化也較大，如果發(fā)酵過程控制不好，有可能發(fā)酵出來會發(fā)現(xiàn)pH值在8.5以上，或5.5以下。特別是過酸的產(chǎn)品會導(dǎo)致農(nóng)作物生長受阻或死亡，而過堿的有機(jī)肥料，由于南方土壤普遍偏酸，危害反而不大。

　　3. 氯離子含量。一般沒有人會去檢測氯離子含量，但有些原料卻含有不少的氯離子，特別是在嚴(yán)重忌氯的作物上使用時，會出現(xiàn)嚴(yán)重問題。也有些廠家使用氯化銨這一類含氯化肥加入到有機(jī)肥中，以提高總養(yǎng)分中的氮，這也是導(dǎo)致氯離子含量增高，影響農(nóng)作物的生長。

　　4. 含鹽量。肥料鹽份高，就好像把一包食鹽灑到有限的地里，作物很受影響。一般來說，生活污泥、廚余垃圾等原料的鹽份較高，不耐鹽的作物會出現(xiàn)黃葉、掉葉、萎蔫、死亡等現(xiàn)象。當(dāng)堆肥EC值小于9.0ms/cm3時，對種子發(fā)芽沒有抑制作用。

5. 陽離子交換量。一般腐熟的有機(jī)肥，其陽離子交換量大，保肥肥力，緩沖能力強，對pH、鹽份有很好的緩沖作用，對于維持土壤的良好狀況有著很重要的作用。而沒有腐熟的有機(jī)肥甚至是曬干就賣的糞便，其陽離子交換量極低，起不到應(yīng)有的緩沖效果，相反，還會危害土壤本身的緩沖效果，造成作物生長障礙。

　　6. 腐植酸。新鮮原料幾乎不含有腐植酸，腐植酸是在有機(jī)肥發(fā)酵生產(chǎn)過程中不斷產(chǎn)生的，以高溫發(fā)酵（大于50℃）尤為明顯。腐植酸與銨、鉀、鈉結(jié)合，具有刺激作物生長的功能，也具有易吸引的效果，也可提高作物抗逆性，促產(chǎn)，促萌發(fā)，腐植酸更可因為其交換能力而增強土壤緩沖能力。

　　7. 小分子脂肪酸。低級脂肪酸對種子發(fā)芽和植物生長有不良影響。小分子脂肪酸易招引蒼蠅，這比較容易觀察出來。一般來說，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鮮雞糞等。其所帶來的危害是：小分子脂肪酸會抑制種子萌發(fā)，會抑制根系生長。

　　8. 重金屬。重金屬會在植物中積累，最終通過食物鏈集中到人身上，對人造成傷害。同時重金屬也會對農(nóng)作物的生長造成損害。由于設(shè)備昂貴，大部分企業(yè)是沒有設(shè)備對重金屬進(jìn)行檢測的，農(nóng)資市場到現(xiàn)在才多見執(zhí)法部門對重金屬進(jìn)行檢測。

　　9. 有害微生物。堆肥溫度在50℃以上的時間不少于5天，可以殺死病原菌及蟲卵，達(dá)到無害化。但實際上很多廠家有機(jī)肥生產(chǎn)過程中，由于工藝水平原因，未能達(dá)50℃以上或達(dá)到了卻時間維持過短，大部分蛔蟲卵、大腸菌群等未能大部分殺滅，這就影響了作物健康生長。